Ja. Facebook ondersteunt desktop-applicaties, maar ze moeten gaan door middel van een speciale authenticatie mechanisme. In wezen moet de gebruiker via een web browser venster uit te trekken bij het kader van het authenticatieproces.
Hier is de documentatie over het verificatieproces: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Login_Desktop_App
Er is een relatief gepolijst Java-bibliotheek voor facebook hier: http://code.google.com/p/facebook-java-api/
Als de Java-bibliotheek bovenstaande niet voldoet aan uw behoeften, kunt u een implementatie op uw eigen te bouwen. In wezen, zal je nodig hebt om te communiceren met de Facebook-REST server, zoals beschreven aan de bovenkant van de pagina hier: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/API
Edit: Na het doen van wat meer onderzoek Ik heb een paar meer middelen te voorzien: Hier is een lijst van enkele toepassingen die zijn geschreven met behulp van Java voor Facebook:
http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Facebook_apps_written_in_Java
En er is zelfs een nette desktop applicatie die is open source hier:
http://code.google.com/p/fb-photo-uploader/
Succes!
