Fout bij gebruik van commandArgs () om argumenten door te geven aan R script

stemmen
0

Gelukkige maandag!

Ik probeer mijn script te krijgen om te lezen in een csv-bestand gegeven vanaf de command line, maar ik krijg steeds deze fout:

Amys-MBP:Code amy$ Rscript get_TreeHeight.R trees.csv
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<cf><fa><ed><fe><07>'
Calls: read.csv -> read.table -> make.names
In addition: Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 2 appears to contain embedded nulls
3: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 3 appears to contain embedded nulls
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on '/usr/local/Cellar/r/3.6.1_1/lib/R/bin/exec/R'
Execution halted

Dit is mijn code:

args = commandArgs(trailingOnly=FALSE)

MyTrees <- read.csv(args[1], header=TRUE)

TreeDistance <- MyTrees[[2]]

TreeDegrees <- MyTrees[[3]]

TreeHeight <- function(degrees, distance){ 
  radians <- degrees * pi / 180 
  height <- distance * tan(radians) 
  print(paste(height))
}

Tree.Height <- TreeHeight(TreeDegrees, TreeDistance)

MyTrees$Tree.Height.m <- Tree.Height

filename <- tools::file_path_sans_ext(args[1])

write.table(paste0(MyTrees, file = ../Results/,filename,_treeheights.csv, row.names=FALSE, col.names=TRUE))

Het is de bedoeling om te lezen in afstand en de mate van gegevens uit te werken ter hoogte van de bomen, toe te voegen hoogte tot het dataframe en uitvoer naar een nieuw bestand. Alle hulp zou zeer gewaardeerd worden, dank u! : D

De vraag is gesteld op 02/12/2019 om 23:58
bron van user
In andere talen...                            


1 antwoorden

Fout bij gebruik van commandArgs () om argumenten door te geven aan R script

stemmen
0

Gelukkige maandag!

Ik probeer mijn script te krijgen om te lezen in een csv-bestand gegeven vanaf de command line, maar ik krijg steeds deze fout:

Amys-MBP:Code amy$ Rscript get_TreeHeight.R trees.csv
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<cf><fa><ed><fe><07>'
Calls: read.csv -> read.table -> make.names
In addition: Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 2 appears to contain embedded nulls
3: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 3 appears to contain embedded nulls
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on '/usr/local/Cellar/r/3.6.1_1/lib/R/bin/exec/R'
Execution halted

Dit is mijn code:

args = commandArgs(trailingOnly=FALSE)

MyTrees <- read.csv(args[1], header=TRUE)

TreeDistance <- MyTrees[[2]]

TreeDegrees <- MyTrees[[3]]

TreeHeight <- function(degrees, distance){ 
  radians <- degrees * pi / 180 
  height <- distance * tan(radians) 
  print(paste(height))
}

Tree.Height <- TreeHeight(TreeDegrees, TreeDistance)

MyTrees$"Tree.Height.m" <- Tree.Height

filename <- tools::file_path_sans_ext(args[1])

write.table(paste0(MyTrees, file = "../Results/",filename,"_treeheights.csv", row.names=FALSE, col.names=TRUE))

Het is de bedoeling om te lezen in afstand en de mate van gegevens uit te werken ter hoogte van de bomen, toe te voegen hoogte tot het dataframe en uitvoer naar een nieuw bestand. Alle hulp zou zeer gewaardeerd worden, dank u! : D

antwoordde op 02/12/2019 om 23:58
bron van user

Cookies help us deliver our services. By using our services, you agree to our use of cookies. Learn more